Đến tháng 1 năm 329 trước Công nguyên, Alexander đang bước vào năm thứ năm của chiến dịch châu Á của mình. Hiện tại,  ông đã giành được một số chiến thắng đáng kể   và chỉ huy một đế chế trải dài từ Hy Lạp đến Iran.

Phần khó khăn nhất trong chiến dịch của anh ấy vẫn còn ở phía trước.

Truy đuổi kẻ giả vờ

Vào tháng 4, sau khi thành lập một Alexandria khác, Alexander đã hành quân qua Hindu Kush để tiến vào Bactria , một khu vực nổi tiếng với rất nhiều khu định cư hùng mạnh nằm rải rác bên bờ sông Oxus Dòng sông.

Chính từ tỉnh này, kẻ giả danh người Ba Tư là Bessus đã hy vọng tập hợp được một đội quân lớn và đối đầu với kẻ truy đuổi mình. Tuy nhiên, người Bactrians lại nghĩ khác.

Thay vì kháng cự, hết thành phố này đến thành phố khác chào đón nhà vua Macedonian và quân đội của ông với vòng tay rộng mở. Bessus buộc phải chạy trốn về phía bắc, băng qua sông Oxus để đến phần lớn là hiếu khách Sogdia . Alexander duy trì sự theo đuổi của mình.

Chính nghĩa của Bessus sớm mất hết hơi thở. Vào mùa hè năm 329 trước Công nguyên, kẻ giả danh người Ba Tư bị phản bội và giao cho Alexander để hành quyết dã man. Ông là lãnh chúa cuối cùng  thách thức Alexander để giành vương miện Ba Tư.

Sự trừng phạt của Bessus.

‘The Fartheest’

Sau khi nghiền nát Bessus, Alexander tiếp tục đi về phía bắc đến sông Jaxartes, ngày nay là Syr Darya. Bên kia sông là vùng đất của các bộ lạc du mục và thảo nguyên: cái gọi là 'người Scythia phía đông' hay Sacae. Nó đã ở đâyrằng Alexander đã quyết định đánh dấu biên giới phía đông bắc của đế chế của mình.

Trên bờ biển phía nam của Jaxartes, ông đã xây dựng một thành phố mới: Alexandria- Eschate (Alexandria xa nhất). Mục đích chính của nó là duy trì sự giám sát chặt chẽ đối với biên giới mới. Đó là một sai lầm khủng khiếp.

Cuộc nổi dậy của người Sogdian

Sự tức giận lớn đã nổ ra giữa những người Sogdian bản địa và người Scythia ở phía bắc. Trong nhiều thập kỷ, hai dân tộc này đã chung sống hòa thuận với nhau; bây giờ việc Alexander tạo ra bức tường thành đô thị này đã đe dọa mối quan hệ lịch sử này. Bật n  Alexander, người Sogdians và người Scythia thống nhất để tiến hành một cuộc chiến tranh du kích ác liệt chống lại quân đội của ông ta.

Trong suốt hai năm, nó đã hoành hành, gây bất ổn cho tỉnh từ tận gốc rễ và gây ra cái giá rất đắt cho Alexander và người của ông. Nơi mà nhà vua Macedonian giành được chiến thắng quyết định, ở nơi khác, những người phụ tá của ông lại phải chịu những thất bại nhục nhã, mất tinh thần.

Vào cuối năm 329 trước Công nguyên, 2.000 binh sĩ – chủ yếu là lính đánh thuê Hy Lạp – đã bị dụ vào bẫy và bị tiêu diệt bởi lực lượng kỵ binh Scythia do thủ lĩnh Sogdian Spitamenes chỉ huy. Nó đã chứng minh thảm họa quân sự lớn nhất trong sự nghiệp của Alexander. Tệ hơn là làm theo.

Sự sụp đổ của Cleitus

Vào cuối năm 329 trước Công nguyên, Alexander quyết định giao quyền kiểm soát tỉnh  Sogdia đầy rắc rối cho  Cleitus  'the Black', vị chỉ huy đã cứu Alexander tại Granicus 5 năm trước đó .Nhưng  Cleitus  không bằng lòng khi được giao quản lý khu vực nổi loạn này ở một nơi xa xôi của thế giới đã biết.

Vào đêm trước khi ông nhậm chức, tại một bữa tiệc ở Samarkand ngày nay, vị tướng say rượu đã trách mắng Alexander về cuộc hẹn. Ông cũng tấn công vào thái độ của vị vua trẻ: việc ông áp dụng một số tập tục của người Ba Tư và việc ông chế nhạo những thành tựu của cha mình là Philip.

Trong cơn say, Alexander đã nhặt một ngọn giáo và đâm  Cleitus  xuyên qua, giết chết anh ta.

Cái chết của Cleitus.

Một nền hòa bình không ổn định

Đối với cả Alexander và quân đội của ông, hai năm họ trải qua ở Uzbekistan thời hiện đại đã chứng tỏ là quãng thời gian khó khăn nhất của họ toàn bộ sự nghiệp. Cuộc nổi dậy cuối cùng đã bị khuất phục. Spitamenes  bị phản bội và bị giết. Alexander kết hôn với Roxana, con gái của một thủ lĩnh quyền lực của Sogdian, để khôi phục lại cảm giác ổn định cho khu vực.

Tuy nhiên, vẫn còn nhiều nhóm kháng cự lớn và Alexander buộc phải rời bỏ một lực lượng đồn trú khổng lồ - bao gồm phần lớn là lính đánh thuê Hy Lạp bất đắc dĩ - để duy trì trật tự trên vùng biên giới khốn khổ này.

Cùng với đó, đội quân vĩ đại rời Sogdia  và Bactria và tiếp tục đi về phía đông, vượt qua dãy núi Hindu Kush để tiến vào Ấn Độ.