Do januara 329. pne Aleksandar je ulazio u petu godinu svog azijskog pohoda. Već je  izvojevao nekoliko izvanrednih pobjeda  i zapovijedao carstvom koje se proteže od Grčke do Irana.

Najteži dio njegove kampanje tek je predstojio.

U goni pretendenta

U travnju, nakon što je osnovao još jednu Aleksandriju, Aleksandar je svoju vojsku prešao preko Hindukuša u Baktriju, regiju poznatu po mnoštvu moćnih naselja koja su se nalazila na obalama Oksusa Rijeka.

Iz ove provincije se perzijski pretendent Bessus nadao da će prikupiti značajnu vojsku i suprotstaviti se svom progonitelju. Međutim, Baktrijanci su mislili drugačije.

Umjesto da se odupiru, grad za gradom dočekivao je makedonskog kralja i njegovu vojsku raširenih ruku. Bessus je bio prisiljen pobjeći na sjever, preko Oxusa u uglavnom negostoljubivu  Sogdiju. Aleksandar je nastavio svoju poteru.

Bessusova stvar ubrzo je izgubila svu pažnju. U ljeto 329. godine prije nove ere perzijski pretendent je izdan i predat Aleksandru na brutalno pogubljenje. Bio je posljednji vojskovođa koji je izazvao Aleksandra za perzijsku krunu.

Besova kazna.

‘Najdalje’

Slomivši Besa, Aleksandar je nastavio na sever do reke Jaxartes, danas Sir Darje. Iza rijeke ležale su zemlje nomadskih plemena i stepa: takozvanih 'istočnih Skita' ili Sacae. Bilo je ovdjeda je Aleksandar odlučio da označi severoistočnu granicu svog carstva.

Na južnoj obali Jaxartesa podigao je novi grad: Aleksandriju-Eshate  (Aleksandrija najudaljenija). Njegova  primarna  svrha je bila održavanje čvrstog nadzora nad novom granicom. Bila je to strašna greška.

Sogdijska pobuna

Veliki gnjev izbio je među domorocima Sogdijanaca i Skita na sjeveru. Decenijama su ova dva naroda živela skladno jedan pored drugog; sada je Aleksandrovo stvaranje ovog urbanog bedema ugrozilo ovu istorijsku vezu. Okrenuvši se  Aleksandra, Sogdijanci i Skiti su se ujedinili da vode oštar gerilski rat protiv njegove vojske.

Cijele dvije godine to je bjesnilo, destabilizirajući pokrajinu do srži i pokazalo se veoma skupim za Aleksandra i njegove ljude. Tamo gdje je makedonski kralj odnio odlučujuću pobjedu, drugdje su njegovi ađutanti pretrpjeli sramotne, demoralizirajuće poraze.

Krajem 329. godine prije Krista, 2.000 vojnika – uglavnom grčkih plaćenika – namamljeno je u zamku i uništeno od strane skitske konjice, kojom je komandovao sogdijski poglavar  Spitamen. To se pokazalo kao najveća vojna katastrofa u Aleksandrovoj karijeri. Sledilo je još gore.

Kletova smrt

Krajem 329. godine prije Krista Aleksandar je odlučio dodijeliti kontrolu nad problematičnom provincijom  Sogdiju Kletu  'Crnom', zapovjedniku koji je spasio Aleksandra na Granikus 5 godina ranije .Ali  Cleitus  bio je daleko od toga da bude ostavljen da upravlja ovom buntovnom regijom na dalekoj ivici poznatog svijeta.

Noć prije nego što je došao na svoju dužnost, na banketu  u  savremenom Samarkandu, general je pijano prekorio Aleksandra zbog imenovanja. Napao je i stav mladog kralja: njegovo usvajanje određenih perzijskih običaja i ismijavanje postignuća njegovog oca Filipa.

U pijanom bijesu Aleksandar je uzeo koplje i protrčao kroz  Kleita  ubivši ga.

Kletova smrt.

Nestabilan mir

I za Aleksandra i njegovu vojsku, dvije godine provedene u današnjem Uzbekistanu pokazale su se  najtežim od njih čitave karijere. Pobuna je na kraju ugušena. Spitamen  je bio izdan i ubijen, a Aleksandar se oženio Roksanom, kćerkom moćnog sogdijskog poglavice, kako bi vratio osjećaj stabilnosti u regiju.

Ipak, ostali su veliki džepovi otpora i Aleksandar je bio prisiljen da napusti ogroman garnizon – koji se uglavnom sastojao od nevoljnih grčkih plaćenika – kako bi održao red na ovoj jadnoj granici.

Time je velika vojska napustila Sogdiju  i Baktriju i nastavila na istok, preko planina Hindu Kuša u Indiju.