Sa debate tungkol sa ugnayan sa pagitan ng relihiyon at ng estado, na nananatiling may-katuturan ngayon,  Si Thomas Jefferson ay muling nasa gitna ng kontrobersya. Ang Virginia Statute for Religious Freedom ni Jefferson ay ang pasimula ng Establishment Clause ng Konstitusyon (ang Clause na nagsasaad, "Ang Kongreso ay hindi gagawa ng batas tungkol sa pagtatatag ng relihiyon").

Ipinasikat din ni Jefferson ang tanyag na parirala na naroon ay dapat na "isang pader ng paghihiwalay" sa pagitan ng simbahan at estado. Ngunit ano ang nasa likod ng pagtatanggol ni Jefferson sa Religious Freedom? Tuklasin ng artikulong ito ang mga personal at pampulitikang dahilan sa likod ng isa sa pinakamahalagang pamana ni Jefferson – ang paghihiwalay sa pagitan ng simbahan at estado.

Nang ipahayag na hahanapin ni Jefferson ang Panguluhan ay may mga ulat na inililibing ng mga tao ang kanilang mga bibliya. para protektahan sila mula sa atheist na si Mr Jefferson. Gayunpaman, sa kabila ng ambivalent na saloobin ni Jefferson, sa pinakamabuti, sa relihiyon, malakas siyang naniniwala sa karapatan sa malayang pagsasagawa at pagpapahayag ng relihiyon.

Sa isang sulat ng tugon sa mga Baptist ng Danbury Connecticut noong 1802 na sumulat kay Jefferson tungkol sa kanilang takot na uusigin ng mga Congregationalists ng Danbury Connecticut, isinulat ni Jefferson:

“Sa paniniwalang kasama mo na ang relihiyon ay isang bagay na nakasalalay lamang sa pagitan ng tao at ng kanyang diyos, na wala siyang utang na loob kanino man iba para sa kanyapananampalataya o kanyang pagsamba, na ang mga lehitimong kapangyarihan ng pamahalaan ay umabot sa mga aksyon lamang, at hindi mga opinyon, pinag-iisipan ko nang may soberanong pagpipitagan ang pagkilos na iyon ng buong mamamayang Amerikano na nagpahayag na ang kanilang "lehislatura" ay hindi dapat "gumawa ng batas tungkol sa pagtatatag ng relihiyon, o ipinagbabawal ang libreng paggamit nito, sa gayon ay nagtatayo ng pader ng paghihiwalay sa pagitan ng simbahan at Estado.”

Ang St Luke's Church sa Virginia ang pinakamatandang nabubuhay na simbahang Anglican sa USA at mula noong ika-17 Siglo .

Unang tinugunan ni Jefferson ang isyung ito sa kanyang Virginia Statute of Religious Freedom, na idinisenyo upang sirain ang Church of England sa Virginia. Malinaw na ang paniniwala ni Jefferson sa isang paghihiwalay sa pagitan ng simbahan at estado ay nagmumula sa politikal na pang-aapi na nagmumula sa pagtatatag ng isang pambansang simbahan.

Malinaw din na ang mga paniniwala ni Jefferson ay nagmula sa mahusay na intelektwal at pilosopikal na mga tagumpay ng ang 18th Century Enlightenment, isang panahon na tinutukoy ng mga mananalaysay upang tukuyin ang isang panahon kung kailan nagsimulang hamunin ng katwiran, agham at lohika ang supremacy ng relihiyon sa pampublikong plaza.

Totoo rin kahit na si Jefferson ay may mga motibasyon sa pulitika para sa ang kanyang "pader ng paghihiwalay na pagpapahayag". Ang kanyang mga kaaway na Pederalismo sa Connecticut ay pangunahing mga Congregationalists. Ito rin ang kaso na gusto ni Jefferson na protektahan ang kanyang sarili bilang Presidente kung kailanhindi siya naglabas ng mga relihiyosong pagpapahayag sa mga relihiyosong pista (isang bagay na ginawa ng mga nauna sa kanya).

Sa pamamagitan ng pampublikong pagbibigay-diin sa paghihiwalay, hindi lamang niya pinrotektahan ang mga relihiyosong minorya, tulad ng mga Katoliko at Hudyo, ngunit pinigilan ang mga akusasyon na siya ay kontra sa relihiyon ng simpleng pagsasabi na hindi tungkulin ng Gobyerno na suportahan o itatag ang anumang relihiyon.

Ang paghihiwalay ng Simbahan at Estado ay isang masalimuot na isyu na may personal, pampulitika, pilosopikal at internasyonal na pundasyon. Ngunit, sa pamamagitan ng pag-iisip tungkol sa mga puntong ito, masisimulan nating maunawaan ang isa sa mga tampok na tumutukoy sa Konstitusyon ng US, at ang pamana ni Mr Jefferson.