در بحث در مورد رابطه بین دین و دولت، که امروزه نیز مطرح است،  توماس جفرسون بار دیگر در مرکز بحث و جدل قرار دارد. قانون ویرجینیا جفرسون برای آزادی مذهبی پیش درآمد بند تأسیس قانون اساسی بود (بند که بیان می کند، "کنگره هیچ قانونی برای احترام به تشکیلات دین وضع نمی کند").

جفرسون همچنین عبارت معروفی را که در آنجا رایج بود رواج داد. باید "دیوار جدایی" بین کلیسا و دولت باشد. اما پشت دفاع جفرسون از آزادی مذهبی چه بود؟ این مقاله دلایل شخصی و سیاسی یکی از مهمترین میراث جفرسون - جدایی بین کلیسا و دولت - را بررسی می کند.

زمانی که اعلام شد جفرسون به دنبال ریاست جمهوری خواهد بود، گزارش هایی مبنی بر دفن انجیل های خود منتشر شد. برای محافظت از آنها در برابر آقای جفرسون ملحد. با این حال، علی‌رغم نگرش دوسوگرایانه جفرسون در بهترین حالت، نسبت به مذهب، او به حق آزادی عمل مذهبی و بیان مذهبی معتقد بود.

در پاسخ نامه‌ای به باپتیست‌های دانبری کانکتیکات در سال 1802 که نوشته بودند. جفرسون به جفرسون در مورد ترس آنها از آزار و شکنجه شدن توسط جماعت گرایان دانبری کانکتیکات نوشت:

«با شما باور دارم که دین موضوعی است که صرفاً بین انسان و خدای او قرار دارد و او به هیچ‌کس مدیون نیست. دیگری برای اوایمان یا عبادت او، این که قدرت های مشروع حکومت فقط به اعمال، و نه به عقاید دست می یابند، من با احترام حاکمیتی به آن اقدام کل مردم آمریکا می اندیشم که اعلام کردند «قانونگذار» آنها نباید «هیچ قانونی را در رابطه با تأسیس دین وضع کند، یا ممنوع کردن اجرای رایگان آن، در نتیجه ایجاد دیوار جدایی بین کلیسا و ایالت.»

کلیسای سنت لوک در ویرجینیا قدیمی‌ترین کلیسای انگلیکن بازمانده در ایالات متحده است و متعلق به قرن هفدهم است. .

جفرسون برای اولین بار در اساسنامه آزادی مذهبی ویرجینیا که برای برچیدن کلیسای انگلستان در ویرجینیا تهیه شده بود به این موضوع پرداخته بود. واضح است که اعتقاد جفرسون به جدایی بین کلیسا و دولت ناشی از ستم سیاسی ناشی از تأسیس کلیسای ملی است.

همچنین واضح است که اعتقادات جفرسون از دستاوردهای بزرگ فکری و فلسفی ناشی می شود. روشنگری قرن هجدهم، دوره ای که مورخان برای نشان دادن زمانی به آن اشاره می کنند که عقل، علم و منطق شروع به به چالش کشیدن برتری دین در میدان عمومی کردند.

همچنین درست است که جفرسون انگیزه های سیاسی برای "اعلام دیوار جدایی" او. دشمنان فدرالیست او در کنتیکت عمدتاً جماعت گرایان بودند. همچنین موردی است که جفرسون می خواست از خود به عنوان رئیس جمهور محافظت کنداو در اعیاد مذهبی اعلامیه‌های مذهبی صادر نمی‌کرد (کاری که پیشینیانش انجام داده بودند).

او با تأکید علنی بر جدایی، نه تنها از اقلیت‌های مذهبی مانند کاتولیک‌ها و یهودیان حمایت کرد، بلکه از اتهامات ضد دینی خود جلوگیری کرد. صرفاً بیان اینکه نقش دولت حمایت یا تأسیس هیچ دینی نبوده است.

جدایی کلیسا از دولت موضوع پیچیده ای است که دارای مبانی شخصی، سیاسی، فلسفی و بین المللی است. اما، با فکر کردن به این نکات، می توانیم یکی از ویژگی های تعیین کننده قانون اساسی ایالات متحده و میراث آقای جفرسون را درک کنیم.