宗教と国家の関係をめぐる今日的な議論において、トーマス・ジェファーソンは再び論争の中心となっている。 ジェファーソンの「宗教の自由に関するバージニア州法」は、憲法における確立条項（「議会は宗教の確立に関する法律を制定してはならない」という条項）の先駆けであった。

ジェファーソンは、「政教分離の壁」という有名な言葉を世に広めた。 しかし、ジェファーソンが信教の自由を守った背景には何があったのだろうか。 この記事では、ジェファーソンの最も重要な遺産の一つである政教分離の背景にある個人と政治の理由を探ってみることにする。

ジェファーソンが大統領を目指すと発表されたとき、人々は無神論者のジェファーソンから守るために聖書を埋めたと報道された。 しかし、ジェファーソンは宗教に対して、よく言えばアンビバレントな態度でありながら、宗教的実践と表現の自由を強く信奉していたのである。

1802年、ダンベリー・コネチカットのバプテスト派がダンベリー・コネチカットの会衆派から迫害されることを恐れてジェファーソンに手紙を出したが、その返事の手紙の中でジェファーソンはこう書いている。

宗教は人間と神との間にのみ存在する問題であり、人間は自分の信仰や崇拝について他の誰にも説明する義務はなく、政府の正当な権限は行動のみに及び、意見には及ばないということを皆さんとともに信じ、アメリカ国民全体が「議会」が「宗教の確立に関する法律を制定してはならない」と宣言した行為に、主権者の畏れをもって見習うものです。宗教を信仰し、またはその自由な行使を禁止し、もって教会と国家の間に分離の壁を築くこと" とある。

バージニア州のセント・ルークス教会は、17世紀に建てられた現存する米国最古の英国国教会の教会です。

ジェファーソンがこの問題を最初に取り上げたのは、ヴァージニアにおける英国国教会の分離を目的として起草された「ヴァージニア宗教自由法」である。 ジェファーソンの政教分離の信念は、国教会の設立から生じる政治的抑圧に由来することは明らかである。

また、ジェファーソンの信念は、18世紀の啓蒙主義における知的、哲学的な偉大な成果に由来していることも明らかである。この時代は、歴史家によって、理性、科学、論理が公共の場における宗教の優位性に挑戦し始めた時代と呼ばれている。

しかし、ジェファーソンが「分離の壁」を宣言したのには、コネチカットの連邦党員の敵は主に会衆派であり、また、ジェファーソンは大統領として自分を守るために、宗教的祝日に宗教的な宣言を出さなかった（前任者が行っていた）ことも事実である。

分離を公に強調することで、カトリックやユダヤ教などの宗教的少数派を保護するだけでなく、いかなる宗教も支持したり確立したりするのが政府の役割ではないと述べることで、反宗教的だとの非難を防いだのである。

政教分離は、個人的、政治的、哲学的、国際的な背景を持つ複雑な問題であるが、これらの点について考えることで、米国憲法の特徴の一つであり、ジェファーソン氏が残した遺産を理解することができるだろう。