Στη συζήτηση σχετικά με τη σχέση μεταξύ θρησκείας και κράτους, η οποία παραμένει επίκαιρη μέχρι σήμερα, ο Τόμας Τζέφερσον βρίσκεται και πάλι στο επίκεντρο της διαμάχης. Ο νόμος του Τζέφερσον για τη θρησκευτική ελευθερία της Βιρτζίνια αποτέλεσε τον πρόδρομο της ρήτρας εγκαθίδρυσης του Συντάγματος (η ρήτρα που αναφέρει: "Το Κογκρέσο δεν θα θεσπίσει νόμο για την εγκαθίδρυση θρησκείας").

Ο Τζέφερσον έκανε επίσης γνωστή τη διάσημη φράση ότι πρέπει να υπάρχει "τείχος διαχωρισμού" μεταξύ εκκλησίας και κράτους. Τι κρύβεται όμως πίσω από την υπεράσπιση της θρησκευτικής ελευθερίας από τον Τζέφερσον; Το άρθρο αυτό θα διερευνήσει τους προσωπικούς και πολιτικούς λόγους πίσω από μία από τις σημαντικότερες παρακαταθήκες του Τζέφερσον - το διαχωρισμό μεταξύ εκκλησίας και κράτους.

Όταν ανακοινώθηκε ότι ο Τζέφερσον θα διεκδικούσε την προεδρία, υπήρξαν αναφορές ότι οι άνθρωποι έθαβαν τις βίβλους τους για να τις προστατεύσουν από τον άθεο κ. Τζέφερσον. Ωστόσο, παρά την, στην καλύτερη περίπτωση, αμφίσημη στάση του Τζέφερσον απέναντι στη θρησκεία, ήταν ισχυρός οπαδός του δικαιώματος στην ελεύθερη θρησκευτική άσκηση και έκφραση.

Σε μια απαντητική επιστολή προς τους Βαπτιστές του Ντάνμπερι Κονέκτικατ το 1802, οι οποίοι είχαν γράψει στον Τζέφερσον για το φόβο τους ότι θα διωχθούν από τους Κονγκρεγκσιοναλιστές του Ντάνμπερι Κονέκτικατ, ο Τζέφερσον έγραψε:

"Πιστεύοντας μαζί σας ότι η θρησκεία είναι ένα θέμα που αφορά αποκλειστικά τον άνθρωπο και τον θεό του, ότι δεν οφείλει λογαριασμό σε κανέναν άλλον για την πίστη του ή τη λατρεία του, ότι οι νόμιμες εξουσίες της κυβέρνησης φθάνουν μόνο στις πράξεις και όχι στις απόψεις, εξετάζω με κυρίαρχο σεβασμό την πράξη ολόκληρου του αμερικανικού λαού που διακήρυξε ότι ο "νομοθέτης" του "δεν θα πρέπει να κάνει κανένα νόμο σχετικά με την εγκαθίδρυση μιαςθρησκείας, ή την απαγόρευση της ελεύθερης άσκησής της, οικοδομώντας έτσι ένα τείχος διαχωρισμού μεταξύ εκκλησίας και κράτους".

Η εκκλησία του Αγίου Λουκά στη Βιρτζίνια είναι η παλαιότερη αγγλικανική εκκλησία που σώζεται στις ΗΠΑ και χρονολογείται από τον 17ο αιώνα.

Ο Τζέφερσον είχε ασχοληθεί για πρώτη φορά με το ζήτημα αυτό στο Καταστατικό της Θρησκευτικής Ελευθερίας της Βιρτζίνια, το οποίο συντάχθηκε για να αποκαταστήσει την Εκκλησία της Αγγλίας στη Βιρτζίνια. Είναι σαφές ότι η πίστη του Τζέφερσον στο διαχωρισμό μεταξύ εκκλησίας και κράτους πηγάζει από την πολιτική καταπίεση που προκύπτει από την ίδρυση μιας εθνικής εκκλησίας.

Είναι επίσης σαφές ότι οι πεποιθήσεις του Τζέφερσον προέρχονταν από τα μεγάλα πνευματικά και φιλοσοφικά επιτεύγματα του Διαφωτισμού του 18ου αιώνα, μιας περιόδου που αναφέρεται από τους ιστορικούς ως η εποχή κατά την οποία η λογική, η επιστήμη και η λογική άρχισαν να αμφισβητούν την υπεροχή της θρησκείας στο δημόσιο χώρο.

Είναι επίσης αλήθεια όμως ότι ο Τζέφερσον είχε πολιτικά κίνητρα για την "διακήρυξη του τείχους του διαχωρισμού". Οι εχθροί του ομοσπονδιακοί στο Κονέκτικατ ήταν κυρίως συγκρητιστές. Είναι επίσης αλήθεια ότι ο Τζέφερσον ήθελε να προστατεύσει τον εαυτό του ως πρόεδρος όταν δεν εξέδωσε θρησκευτικές διακηρύξεις για θρησκευτικές γιορτές (κάτι που είχαν κάνει οι προκάτοχοί του).

Τονίζοντας δημοσίως τον διαχωρισμό, όχι μόνο προστάτευσε τις θρησκευτικές μειονότητες, όπως οι Καθολικοί και οι Εβραίοι, αλλά απέτρεψε τις κατηγορίες ότι ήταν αντιθρησκευτικός, δηλώνοντας απλώς ότι δεν ήταν ο ρόλος της κυβέρνησης να υποστηρίζει ή να εγκαθιδρύει οποιαδήποτε θρησκεία.

Ο διαχωρισμός Εκκλησίας και Κράτους είναι ένα περίπλοκο ζήτημα που έχει προσωπικές, πολιτικές, φιλοσοφικές και διεθνείς βάσεις. Όμως, σκεπτόμενοι αυτά τα σημεία, μπορούμε να αρχίσουμε να κατανοούμε ένα από τα καθοριστικά χαρακτηριστικά του Συντάγματος των ΗΠΑ και την κληρονομιά του κ. Τζέφερσον.