Dalam perbahasan tentang hubungan antara agama dan negara, yang kekal relevan hari ini,  Thomas Jefferson sekali lagi menjadi pusat kontroversi. Statute Virginia untuk Kebebasan Beragama Jefferson adalah pelopor kepada Fasal Penubuhan Perlembagaan (Fasal yang menyatakan, “Kongres tidak boleh membuat undang-undang berkenaan dengan penubuhan agama”).

Jefferson juga mempopularkan frasa terkenal yang terdapat di sana. harus menjadi "tembok pemisah" antara gereja dan negara. Tetapi apa yang ada di sebalik pembelaan Jefferson terhadap Kebebasan Beragama? Artikel ini akan meneroka sebab peribadi dan politik di sebalik salah satu warisan Jefferson yang paling penting – pemisahan antara gereja dan negeri.

Apabila diumumkan bahawa Jefferson akan mencari jawatan Presiden, terdapat laporan bahawa orang ramai menguburkan bible mereka untuk melindungi mereka daripada ateis Encik Jefferson. Walau bagaimanapun, walaupun Jefferson, paling baik, sikap ambivalen, terhadap agama, dia adalah seorang yang kuat percaya pada hak untuk bebas amalan agama dan ekspresi.

Dalam surat jawapan kepada Baptists of Danbury Connecticut pada tahun 1802 yang telah menulis kepada Jefferson tentang ketakutan mereka untuk dianiaya oleh Congregationalists of Danbury Connecticut, Jefferson menulis:

“Dengan percaya dengan anda bahawa agama adalah perkara yang terletak semata-mata antara manusia dan tuhannya, bahawa dia tidak berhutang kepada sesiapa pun. lain untuk diakepercayaan atau penyembahannya, bahawa kuasa kerajaan yang sah mencapai tindakan sahaja, dan bukan pendapat, saya merenung dengan penuh penghormatan kedaulatan bahawa tindakan seluruh rakyat Amerika yang mengisytiharkan bahawa "perundangan" mereka harus "tidak membuat undang-undang berkenaan dengan penubuhan agama, atau melarang penggunaannya secara percuma, dengan itu membina tembok pemisah antara gereja dan Negara.”

Gereja St Luke di Virginia ialah gereja Anglikan tertua yang masih ada di Amerika Syarikat dan bermula dari abad ke-17 .

Jefferson telah mula-mula menangani isu ini dalam Virginia Statute of Religious Freedom, yang telah digubal untuk membubarkan Gereja England di Virginia. Jelas sekali bahawa kepercayaan Jefferson terhadap pemisahan antara gereja dan negara berpunca daripada penindasan politik yang timbul daripada penubuhan gereja kebangsaan.

Juga jelas bahawa kepercayaan Jefferson berpunca daripada pencapaian intelektual dan falsafah yang hebat Pencerahan Abad ke-18, tempoh yang dirujuk oleh ahli sejarah untuk menunjukkan masa apabila akal, sains dan logik mula mencabar ketuanan agama di dataran awam.

Ia juga benar walaupun Jefferson mempunyai motivasi politik untuk "penyataan dinding pemisah" beliau. Musuh-musuh Federalisnya di Connecticut kebanyakannya adalah Jemaah. Ia juga kes bahawa Jefferson mahu melindungi dirinya sebagai Presiden apabiladia tidak mengeluarkan pengisytiharan agama pada hari kelepasan agama (sesuatu yang telah dilakukan oleh pendahulunya).

Dengan secara terbuka menekankan pemisahan itu dia bukan sahaja melindungi minoriti agama, seperti Katolik dan Yahudi, tetapi menghalang tuduhan bahawa dia anti agama oleh sekadar menyatakan bukan peranan Kerajaan untuk menyokong atau menubuhkan mana-mana agama.

Pemisahan Gereja dan Negara adalah isu rumit yang mempunyai asas peribadi, politik, falsafah dan antarabangsa. Tetapi, dengan memikirkan perkara ini, kita boleh mula memahami salah satu ciri yang menentukan Perlembagaan AS, dan warisan Encik Jefferson.