У дебати о односу између религије и државе, која је и данас актуелна,  Томас Џеферсон је поново у центру контроверзе. Џеферсонов Статут Вирџиније за верску слободу био је претеча клаузуле о оснивању устава (клаузуле која каже: „Конгрес неће донети закон који би поштовао верску религију“).

Џеферсон је такође популаризовао чувену фразу да је тамо требало би да буде „зид раздвајања“ између цркве и државе. Али шта је стајало иза Џеферсонове одбране верске слободе? Овај чланак ће истражити личне и политичке разлоге иза једног од Џеферсонових најважнијих наслеђа – раздвајања цркве и државе.

Када је објављено да ће Џеферсон тражити место председника, појавили су се извештаји да људи закопавају своје библије да их заштити од атеисте господина Џеферсона. Међутим, упркос Џеферсоновом, у најбољем случају, амбивалентном ставу према религији, он је чврсто веровао у право на слободну верску праксу и изражавање.

У писму за одговор баптистима из Данбери Конектиката 1802. који су писали Џеферсону о њиховом страху од прогона од стране конгрегационалиста Данбури Конектиката, Џеферсон је написао:

„Верујући са вама да је религија ствар која лежи искључиво између човека и његовог бога, да он никоме не дугује рачун друго за његововере или његовог обожавања, да легитимна овлашћења владе досежу само акције, а не мишљења, са сувереним поштовањем разматрам тај акт целог америчког народа који је прогласио да њихово „законодавство“ не би требало да „доноси никакав закон који поштује успостављање вере, или забрањујући слободно коришћење тога, чиме се гради зид раздвајања између цркве и државе.”

Црква Светог Луке у Вирџинији је најстарија преживела англиканска црква у САД и датира из 17. века .

Џеферсон се први пут позабавио овим питањем у свом Статуту о верској слободи у Вирџинији, који је састављен да укине Енглеску цркву у Вирџинији. Јасно је да Џеферсонова вера у раздвајање цркве и државе произилази из политичког угњетавања које произилази из успостављања националне цркве.

Такође је јасно да су Џеферсонова уверења проистекла из великих интелектуалних и филозофских достигнућа Просветитељство 18. века, период на који се историчари позивају да би означили време када су разум, наука и логика почели да оспоравају превласт религије на јавном тргу.

Такође је истина да је Џеферсон имао политичке мотиве за његова „изјава зида раздвајања”. Његови федералистички непријатељи у Конектикату били су првенствено конгрегационалисти. Такође је случај да је Џеферсон желео да се заштити као председник каданије издавао верске прогласе на верске празнике (нешто су чинили његови претходници).

Јавним истицањем раздвајања не само да је штитио верске мањине, попут католика и Јевреја, већ је спречио оптужбе да је антирелигиозан тако што је једноставно наводећи да није улога Владе да подржава или успоставља било коју религију.

Одвајање цркве од државе је компликовано питање које има личне, политичке, филозофске и међународне основе. Али, размишљајући о овим тачкама, можемо почети да разумемо једну од кључних карактеристика америчког устава и наслеђа господина Џеферсона.