En el debat sobre la relació entre la religió i l'estat, que segueix sent rellevant avui dia,  Thomas Jefferson torna a ser el centre de la polèmica. L'Estatut de Virgínia per a la llibertat religiosa de Jefferson va ser el precursor de la clàusula d'establiment de la Constitució (la clàusula que diu: "El Congrés no farà cap llei respecte a l'establiment de la religió").

Jefferson també va popularitzar la famosa frase que hi havia hauria de ser "un mur de separació" entre l'església i l'estat. Però què hi havia darrere de la defensa de Jefferson de la llibertat religiosa? Aquest article explorarà les raons personals i polítiques darrere d'un dels llegats més importants de Jefferson: la separació entre l'església i l'estat.

Quan es va anunciar que Jefferson buscaria la Presidència, hi va haver informes que la gent estava enterrant les seves bíblies. per protegir-los de l'ateu Sr. Jefferson. No obstant això, malgrat l'actitud, en el millor dels casos, ambivalent de Jefferson cap a la religió, era un ferm creient en el dret a la pràctica i l'expressió religioses lliures.

En una carta de resposta als baptistes de Danbury Connecticut el 1802 que havien escrit a Jefferson sobre la seva por de ser perseguit pels congregacionalistes de Danbury Connecticut, Jefferson va escriure:

“Creure amb tu que la religió és una qüestió que es troba únicament entre l'home i el seu déu, que no li deu comptes a ningú. altre per la sevafe o el seu culte, que els poders legítims del govern arribin només a accions, i no a opinions, contemplo amb sobirana reverència aquell acte de tot el poble nord-americà que va declarar que la seva "legislatura" hauria de "no fer cap llei respecte a un establiment de religió, o prohibint-ne el lliure exercici, construint així un mur de separació entre l'església i l'estat."

L'església de Sant Lluc de Virgínia és l'església anglicana més antiga que es conserva als EUA i data del segle XVII. .

Jefferson havia tractat aquest tema per primera vegada en el seu Estatut de la llibertat religiosa de Virgínia, que va ser redactat per desestablir l'Església d'Anglaterra a Virgínia. És clar que la creença de Jefferson en una separació entre l'església i l'estat prové de l'opressió política que sorgeix de l'establiment d'una església nacional.

També és clar que les creences de Jefferson van derivar dels grans èxits intel·lectuals i filosòfics de la Il·lustració del segle XVIII, un període al qual es refereixen els historiadors per indicar un moment en què la raó, la ciència i la lògica van començar a desafiar la supremacia de la religió a la plaça pública.

També és cert que Jefferson tenia motivacions polítiques per el seu “pronunciament del mur de separació”. Els seus enemics federalistes a Connecticut eren principalment congregacionalistes. També és el cas que Jefferson volia protegir-se com a president quanno va emetre proclames religioses en festes religioses (cosa que havien fet els seus predecessors).

En emfatitzar públicament la separació no només va protegir les minories religioses, com els catòlics i els jueus, sinó que va evitar les acusacions que era antireligiós per part simplement afirmant que no era el paper del Govern donar suport o establir cap religió.

La separació de l'Església i l'Estat és un tema complicat que té fonaments personals, polítics, filosòfics i internacionals. Però, pensant en aquests punts, podem començar a entendre una de les característiques definitòries de la Constitució dels EUA i el llegat del Sr. Jefferson.